Las organizaciones con las que CEMDA ha trabajado son:
- Asociación Jalisciense de Apoyo a los Grupos Indígenas, A.C. (AJAGI)
- Agua Vale Más Que Oro
- Alianza de la Costa Verde
- Alianza para la Sustentabilidad del Noroeste Costero (AlCosta)
- 7 Filos Producciones
- Alianza Tierra Madre
- Alternare, A.C.
- Amigos para la Conservación de Cabo Pulmo (ACCP)
- ASILEGAL
- Asociación de Investigación y Conservación de Mamíferos Marinos y su Hábitat (Aicmmarh)
- Asociación en Defensa del Bien Comunitario de la Delegación de La Ribera
- Asociación Interamericana para la Defensa del Ambiente (Aida)
- Asociación Nacional de Abogados Democráticos ANAD
- Atl Producciones; Baja Expeditions
- Ayuntamiento de La Paz, BCS (XII)
- Ayuntamiento de Los Cabos, BCS (X)
- Barranca de los Sauces, A.C.
- Barzón
- Bravo Jóvenes
- Cabo Pulmo Vivo
- Casa de la Cultura Jurídica de La Paz, BCS
- Casifop – Unam
- CAT – Puebla
- CCESC – Defensoría del Derecho a la Salud
- CENCOS
- Centro “Fray Julián Garcés” Derechos Humanos y Desarrollo Local
- Centro Atoyac Zahuapan y Calidad de Vida
- Centro de Colaboración Cívica, A.C
- Centro de derechos humanos de la montaña Tlachinollan
- Centro de Derechos Indígenas Flor y Canto, A. C.
- Centro de DH Fray Matías de Córdova
- Centro de Enseñanza Técnica y Superior (CETYS Universidad), Campus Mexicali
- Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (Cibnor)
- Centro de Justicia para la Paz y el Desarrollo CEPAD
- Centro de Transporte Sustentable
- Centro Fray Julián Garces Derechos Humanos y Desarrollo Local, A.C.
- Centro Intercultural de Estudios de Desiertos y Océanos (Cedo)
- Centro Mario Molina
- Centro Mario Molina
- Ciudadanos Preocupados
- Climate Action Network,
- Climateworks Network
- Clubdepatosscn
- Colectivo Balandra
- Colectivo COA
- Colectivo Ecologista Jalisco
- Colectivo por la Transparencia
- COMARINO
- Comisión de DH del Noroeste CCDH
- Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (Conanp)
- Comité de Derechos Humanos de Tabasco A. C. CODEHUTAB
- Comité Mexicano de la UICN
- Comunicación y Educación, A.C.
- Comunidad y Biodiversidad (COBI)
- Comunidad, Visión y Desarrollo (Covide)
- CONAFOR
- ConCiencia México (ConCiencia)
- Consejo de los 13 Pueblos
- Consejo Intercomunitario para el Desarrollo Sustentable de la Cuenca del Río San Pedro (CIDS-RSP)
- Consejo Técnico Consultivo para REDD+
- CONSELVA
- Conservación Biológica y Desarrollo Social, A.C. (CONBIODES).
- Conservación del Territorio Insular Mexicano (Isla)
- Conservación Humana, A.C.
- Conservación Internacional
- Conservación y Rehabilitación del Hábitat (Conrehabit)
- Critical Ecosystem Partnership Fund
- Defenders of Wildlife Mexico
- Defensa Ambiental del Noroeste (Dan)
- Defensoría Penal y Ambiental, A.C.
- Ecoalianza Loreto (EcoAlianza)
- Ecology Project International (EPI)
- EDUCA A.C
- El Caracol A.C
- El Poder del Consumidor
- ELIGE
- Energía, Tecnología y Educación, S.C
- Environmental Defense Fund (EDF)
- Environmental Law Institute (ELI)
- Equidad de Género, Ciudadanía, Trabajo y familia, A.C
- Equipo Pueblo
- Escuela Libre de Derecho de Sinaloa
- Espacio DESC
- Espacios Naturales para el Desarrollo Sustentable, A.C. (ENDESU)
- Federación Camaroneros de Agua Verde
- Federación de Sociedades Cooperativas de la Industria Pesquera de Agua Verde
- Federación de Sociedades Cooperativas del Sur de Sinaloa
- Federación de Sociedades Cooperativas Guerreros del Sur
- Federación de Sociedades Cooperativas Laguna del Caimaneros
- Fideicomiso Fondo para la Protección de los Recursos Marinos (Fonmar)
- Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza (FMCN)
- Fondo para la Comunicación y la Educación Ambiental, A.C. (FCEA)
- Fondo para la Protección de los Recursos Marinos
- Fondo Procuenca
- Fundación Heinrich Böll
- Fundación Mexicana para la Educación Ambiental (Fundea)
- Fundación Picudos
- Fundación Xochitla, A.C.
- Fundación Flora and William Hewlett
- Fundar
- GIRE
- Globe México
- Greenpeace
- Grupo Ecológico Sierra Gorda, I.A.P.
- Grupo Tortuguero de las California
- Guardianes de las Montañas, A.C.
- Guardianes de los Árboles, A.C.
- Guardianes del Agua / La Paz Coastkeeper
- HIC-AL
- IMDEC
- INCIDE SOCIAL
- INDIGACIÓN A.C
- Iniciativa de Acceso México
- International Council of Clean Transportation, ICCT
- ITDP México
- Jaguar Conservancy
- Lemanya Oceánica
- LIMEDDH
- Litiga OLE
- Los Cabos Coastkeeper (LCCK)
- Magdalena Bay Keeper
- Medio Ambiente y Sociedad (MAS)
- Natural Resources Defense Council (NRDC)
- Noroeste Sustentable (NOS)
- Observatorio Técnico-Legal Vaquita Marina
- Órgano Técnico del Comité de Ordenamiento Ecológico Local del Municipio de La Paz, BCS
- Otros Mundos Chiapas
- Oxfam México
- PIDES
- Plataforma Bahía de La Paz
- PRODDESC AC
- ProEsteros
- Pro-Manglar
- Pronatura Chiapas.
- Pronatura México, A.C.
- Pronatura Noroeste
- Pronatura Península de Yucatán
- Propenínsula
- Pro-Regiones UNAM
- RADAR
- Red Acción Ambiente A. C
- Red Ecologista por el Desarrollo de Escuinapa (REDES)
- Red Guerrerense de Organismos Civiles de Derechos Humanos
- Red por los Derechos de la Infancia
- Red TDT
- Reforestamos México, A.C.
- Sea Watch
- Sociedad Cooperativa Pesquera El Esterito
- Sociedad Historia Natural Niparajá
- Sociedad Organizada por Sudcalifornia (SOS)
- SuMar, Voces por la Naturaleza (SuMar)
- Teyeliz.
- The Nature Conservancy
- Trece Pueblos en defensa del agua, el aire y la tierra de Morelos
- Universidad Autónoma de Tlaxcala
- Universidad del Medio Ambiente
- Wildcoast/ Costa Salvaje
- Wirikuta
- World Resources Institute, WRI
- World Wildlife Fund (WWF)

